L'ancienne abbaye de Pontigny est l'un des plus anciens sites de l'ordre cistercien. Seconde fondation du monastère de Cîteaux, elle fut établie en 1114 aux confins des anciens diocèses de Sens, d'Auxerre et de Langres, entre Champagne et Bourgogne.
Les premiers moines mirent en valeur les terres, bois et cours d'eau qui leur étaient donnés. Ils implantèrent, dans un rayon de plusieurs dizaines de kilomètres autour de l'abbaye, un ensemble de grosses fermes, les "granges", gérées par les frères convers.
À l'exploitation des forêts, l'élevage de porcs et de moutons, la culture des céréales et de la vigne, vinrent s'ajouter l'extraction de minerai de fer et, sans doute aussi, la production de briques et de carreaux de terre cuite.
Cette solide assise économique permit d'édifier, peu avant le milieu du XIIe siècle, la grande église qui subsiste encore aujourd'hui, intacte.
Après la transformation du chevet, à la fin du XIIe, elle atteignit la longueur impressionnante de 120 mètres.
De l'extérieur, la construction majestueuse présente les lignes simples de son long vaisseau, cathédrale amarrée, comme pour quelques jours de relâche, dans la large vallée du Serein.
Une fois poussée la porte, on découvre un vaste espace de clarté : la sobriété des formes laisse les flots de lumière inonder les hauts piliers de pierre et caresser le calcaire blanc et doux.
L'église cistercienne est conçue pour favoriser le recueillement des moines. Ici, pas de fresques sur les parois, pas de vitraux colorés. Rien ne doit attirer le regard et détourner de la prière.
Le lent passage des rayons du soleil sur les pierres anime à lui seul cette architecture grandiose dans son dépouillement même.
Au XVIIe siècle, les abbés restaurent l'abbaye suivant le goût du jour, hélas bien loin de la sobriété du style cistercien d'origine : orgue, clôture de choeur, grilles en fer forgé...
Les travaux vont se poursuivre jusqu'à la veille de la Révolution.
La Révolution fut fatale à l'abbaye. Si l'église fut préservée, il n'en est pas de même des bâtiments conventuels. Le bâtiment des frères convers est le seul qui fut épargné.
1114 - Fondation de l'abbaye par Hugues de Mâcon, compagnon de St bernard. Il deviendra évêque d'Auxerre.
1164 -1166 - Pontigny reçoit Thomas Becket alors en exil.
1206 - Alix de Champagne, reine de France est inhumée dans le chœur, de l'abbatiale.
1240 - Mort de l'archevêque Edmund d'Abingdon. Il est canonisé en 1246 (Saint Edme). Son corps repose dans l'abbatiale.
1789 - La Révolution chasse les moines. Les bâtiments servent de carrière pour les constructions du village. L'église est épargnée ainsi que le bâtiment des frères convers. L'église devient paroissiale.
1842-1903 - Le bâtiment des frères convers est occupé par le Père Muard qui fonde les Pères de St Edme. Ces religieux seront expulsés à la suite de la loi de 1901.
1903 - L'abbé Tauleigne, génial inventeur, est nommé curé de Pontigny.
1906 - Le domaine est acheté par Paul Desjardins, professeur des Écoles Normales de St Cloud et de Sèvres.
Il y organise, entre 1910 et 1939, les Décades de Pontigny.
1947 - Les Pères de St Edme reviennent pour créer et animer un collège franco-américain.
1954 - Le pape Pie XII donne le territoire paroissial de Pontigny au nouveau mouvement spirituel de la Mission de France qui va donc à son tour occuper le domaine.
1968 - Les bâtiments sont vendus à LADAPT, centre de formation professionnelle pour handicapés.
1985 - Création de l'Association des Amis de Pontigny.
2003 - Le domaine est vendu à la Région Bourgogne.