En 1128, le premier abbé, Gérard de Montlau est béni par l'évêque de Périgueux, Guillaume d'Auberoche et les moines décident de construire un monastère. Ils bâtissent l'église abbatiale, le couvent protégé par une enceinte, puis une petite église paroissiale. Les deux églises sont consacrées en même temps le 12 octobre 1147 par Raymond de Mareuil sous les vocables de la Vierge et de sainte Madeleine.
En 1360, l'abbaye compte 22 religieux. Elle s'est mise sous la protection du cardinal Hélie de Talleyrand-Périgord et reçoit de lui une dotation de 3800 florins d'or pour 38 nouveaux chanoines2.
Évolution du statut
C'est une abbaye augustinienne, en 1133, les moines choisissent la règle de St Augustin, rejoignant ainsi la congrégation des Chanoines de Saint Augustin.
En 1635, Alain de Solminihac s'oppose à la Congrégation de France, les génovéfains, fondée par le cardinal de la Rochefoucauld, et si l'on interdit d'étendre la réforme prônée par Alain de Solminihac, Chancelade obtient l'autorisation d'exister comme congrégation indépendante3.
Guerres, pillages et destructions
De 1360 à 1367 les anglais occupent Périgueux. Ils chassent les moines pour loger une garnison dans le monastère. Du Guesclin, lors de son retour d'Espagne, va reconquérir l'abbaye, mais après son départ, les Anglais la reprennent et y restent jusqu'au xve siècle.
Vers 1440, sous la protection d'Arnaud de Bourdeille, et grâce à son abbé, Geoffroy de Pompadour, la communauté se reconstitue.
En 1575, durant les guerres de religion, Périgueux est prise par les Huguenots, Langoiran s'empare de l'abbaye qui est pillée et incendiée. De l'église, il ne reste que la croisée du transept avec la coupole et le clocher. La voûte de la nef et le chœur roman sont détruits.
Renouveau
Quand en 1614 Alain de Solminihac est pourvu de cette abbaye, les moines ne sont plus que quatre. En 1622 il reçoit la bénédiction abbatiale en la cathédrale Saint-Front des mains de Monseigneur de la Béraudière. Il rebâtit l'église à demi-abattue, reconstruit le cloître, les logis, les communs, il réforme l'abbaye et la repeuple.
Nommé évêque de Cahors par le pape Léon XIII le 17 juin 1636, Alain de Solminihac revient à Chancelade en 1638 pour consacrer l'église.
L'abbé Le Gros de Beller oriente résolument ses religieux vers les études et la bibliothèque s'enrichit de cartulaires, de chartes et de 4 000 livres. L'activité du scriptorium était intense : copie de manuscrits, classement de textes, de chartes. Le Révérend Père Prunis découvrit le journal de voyage de Montaigne, enfermé dans une vieille malle dans la tour de la librairie et il fut édité à Rome en 1774.
Chancelade qui possédait une machine électrique avait souscrit à l'Encyclopédie de Diderot.
Perte temporaire de fonction religieuse
Elle est vendue comme bien national en 1790.
De nombreux documents sont revenus à la Bibliothèque Nationale où ils constituent un ensemble de 183 volumes, et plusieurs centaines d'ouvrages sont à la bibliothèque municipale de Périgueux dont une copie du cartulaire.
Réouverture
Après des travaux de rénovation commencés en 1955 par les propriétaires des bâtiments conventuels, M. et Mme Caignard, l'abbaye peut ouvrir aux pèlerins et au public en 1977.Fermée de 2004 à 2009, elle est de nouveau ouverte en 2010.
En 1998, une communauté de Chanoines Réguliers de Saint Augustin se réinstalle à Chancelade et en 2004, le Logis de l'Abbé et son parc, rachetés par l'évêché à la famille Caignard, lui sont confiés pour y développer un centre spirituel.