Vers l'an 700 le missionnaire franconien Rupert (Hroudbert) arriva à Salzbourg et fonda sur le sol romain Juvavum l'église St Pierre et une abbaye. Cette abbaye s'avérera abriter la plus ancienne communauté de moines sur le sol allemand à travers les siècles jusqu'à nos jours.

Le bâtiment actuel fut construit à l'époque romane, puis entièrement rénové au cours des XVIIème et XVIIIème siècles dans le style baroque. C’est ici que Mozart joua pour la première fois, en 1783, la messe en ut mineur,. Mozart a souvent dirigé l'orchestre et le chœur de cette église et y a joué de l’orgue.